É o órgão executivo que planeja, superintende, coordena, fomenta e acompanha as atividades no âmbito das estratégias, diretrizes e políticas do Ensino, nas suas diversas modalidades, com prioridade para a Educação Profissional e Tecnológica, além das ações relacionadas ao apoio, ao desenvolvimento do ensino e ao estudante do IFAM (Regimento interno do IFAM) 

Pró-Reitora de Ensino: Rosangela Santos da Silva (Portaria. N. 1763, 22/11/2022)